El área que se convirtió en la diócesis de Corpus Christi se vio envuelto en dos guerras de independencia en un plazo de menos de 20 años. En primer lugar, México luchó por la independencia de España en la década de 1820 y luego Texas luchó por la independencia de la República de México en la década de 1830.
Estos conflictos tuvieron su efecto en muchas comunidades católicas. Los cambios ya habían comenzado en la presencia católica en el sur de Texas. Las misiones que sirvieron a los indígenas se secularizaron para servir más como iglesias parroquiales para los colonos que continuaban a venir a la área.
Padre José Nicolás Balli, un sacerdote secular sirvió al Valle del Río Grande durante su permanencia en Nuestra Señora del Refugio en el área de Matamoros desde 1804 hasta 1829. También fundó un rancho en la isla en el actual condado de Cameron, y estableció la primera iglesia, tanto para la conversión de los indios Karankawa y el beneficio de los pobladores locales que trajo a la isla.
En última instancia la isla, originalmente llamado Isla de Santiago, pasó a llamarse Isla del Padre en honor al Padre de Balli.
México enfrento muchas dificultades en la obtención de su independencia después de que el sacerdote católico mexicano Padre Miguel Hidalgo y Costilla emitió el famoso “Grito de Dolores” (el grito de independencia) el 16 de septiembre de 1810. Los conflictos armados duraron más de 10 años antes que la independencia fue ganada en 1821. Esta independencia, duramente conquistada, fue seguida por la guerra de la independencia de Texas en 1835.
Estas transiciones eran más tranquilo en algunos de los centros del norte, pero San Antonio conoció batallas en 1813, 1835, 1836 y 1842. Desarrollo de la iglesia se vio interrumpida periódicamente por un número de años. Mientras la joven República de México trató de estabilizar el gobierno central tomó una decisión que también cambió el curso de los acontecimientos en Texas para la Iglesia y el Estado.
En un esfuerzo para resolver el estado provisional de Coahuila y Texas, debido a los temores de la invasión de los Estados Unidos, el gobierno mexicano inició su primera ley de colonización en 1823. Empresarios entraron en contratos con el Estado para organizar el territorio a cambio de tierras.
Empresarios de la zona sur de Texas, incluían James Power y James Hewetson y John McMullen y su socio James McGloin. Power y Hewetson implantaron emigrantes irlandeses con las familias mexicanas, especialmente en el área de Refugio. McMullen y McGloin trajeron colonos a la zona de la actual San Patricio, al norte del río Nueces.
La historia de los colonos de San Patricio pinta un buen retrato de la época. Este establecimiento se encuentra en o cerca del sitio de la antigua hacienda de Santa Margarita de el empresario Martín de León, que había abandonado el lugar durante la Revolución Mexicana hacia 1811.
La comunidad de San Patricio construyó su primera iglesia en 1831 y disfrutó de una serie de pastores residentes, incluso como el Padre Henry Doyle y el Padre Thomas J. Malloy, en un momento en que había una grave escasez de clero. Los franciscanos habían dejado de servir en el sur de Texas después de la secularización de las misiones y se jubilaron a México.
Con la separación de Texas de México después de 1836, los registros existentes indican que los sacerdotes seculares sólo en ese momento estaban en San Patricio, Goliad, Nacogdoches y San Antonio. La parroquia de San Patricio fue un centro de actividades para la pequeña comunidad bicultural de irlandeses y mexicanos. La fe compartida Católica ayudó a asegurar que los dos pueblos de diferentes orígenes vivieran en fraternidad.
Los colonos, sin embargo, pronto se encontraron atrapados en conflictos como Texas buscaba renovar su independencia de México. Los católicos se encontraban en momentos divididos en sus lealtades y se era más difícil mantener la neutralidad. San Patricio fue zona de una batalla entre fuerzas mexicanas y Texas.
Algunos colonos de San Patricio se incorporaron al ejército tejano y lucharon en Goliad. Según la leyenda, el padre Malloy junto con la señora Francisca Álvarez, la esposa de un oficial mexicano que después fue conocida como “El Ángel de Goliad,” fueron principales en la salvación de un grupo de jóvenes de San Patricio de cierta muerte durante la ejecución de Fannin y su ejército en el Presidio de La Bahía en 1836.
La República de Texas después de 1836 era todavía nominalmente bajo la autoridad de la Diócesis de Linares-Monterrey, que no tuvo un obispo durante 10 años a causa de los disturbios en México. Después de que uno fue designado, tuvo que huir debido a la persecución. Finalmente, en 1838, el Vaticano pidió al obispo Antonio Blanc de Nueva Orleans a asumir la responsabilidad de los católicos en Texas.
Obispo Blanc nombro a el Padre John Timon, CM como su vicario para la área de Texas. Padre Timon visitó a los líderes católicos de todo Texas e informó de que había unos 12.000 católicos en Texas. Había una falta de cleros y los fieles se enfrentaban con grandes dificultades.
En 1841, la República de Texas se hizo un Vicariato Apostólico y el Obispo Jean Marie Odin CM, que había trabajado con Padre Timon en Texas, fue nombrado Vicario Apostólico, con residencia en Galveston. El obispo se enfrento inmediatamente con el problema de pedir al gobierno de la República de Texas, que reconociera los derechos de Iglesia a sus la propiedades, como los edificios de las antiguas misiones que se necesitaban con urgencia para los servicios de la comunidad católica.
Así, mientras que las comunidades más antiguas, como Laredo, San Patricio, Refugio y Goliad se quedaron con capillas en las que celebrar la misa, otras comunidades eran bendecidas simple con familias católicas que le daban la bienvenida el obispo Odin o a un sacerdote visitante i les ofrecían sus hogares como un lugar para celebrar la Misa y los sacramentos.
Con el fin de satisfacer las necesidades del el pueblo, el obispo Odin se embarcó en un esfuerzo para traer párrocos y religiosos. Dos de los cuatro sacerdotes que inicialmente asistieron a el Obispo Odin, sirvieron en el territorio que hoy es la Diócesis de Corpus Christi.
Uno de ellos era el padre Eubaldus Estany, C.M. que hizo frecuentes visitas a puesto de comercio de Kinney, establecido en 1839 y ubicado en el sitio que más tarde se convirtió en la ciudad de Corpus Christi. Padre Estany, un sacerdote vicentino que llegó a Texas con el Obispo Odin en 1840, residía en el río San Antonio y daba visita a pueblos y ranchos en una circunferencia de cerca de 400 millas en un esfuerzo por cubrir el enorme territorio que comprendía el Vicariato.
El capitán W. S. Henry asistió a uno de los servicios en manos de Padre Estany en el rancho de Kinney el 3 de agosto de 1845, y escribió a un amigo de su experiencia: «Aquí hay un servicio católico en una de las casas en el rancho ... el cura pronto hizo su aparición. Su nombre es Estany, un nativo de la vieja España, que, encendidos por el entusiasmo del evangelio, se había convertido en un salvador de almas ... Él nos dio un sermón excelente en Español e Inglés.»
Padre Estany fue seguido por otros sacerdotes, muchos de ellos viajaban fuera de Victoria, la ciudad más grande de la área, para servir a las comunidades en todo el sur de Texas, incluyendo la área que se convirtió en la diócesis de Corpus Christi.
En 1845, el Obispo Odin se enteró de que los Estados Unidos se habían anexado Texas. Él sabía que este desarrollo significa cambios importantes para los católicos en Texas.